Un artículo anterior, publicado en enero de 2012 mostró la exactitud de la imputación de genotipos derivados del panel de 6K en 50K genotipos utilizados para la estimación de las evaluaciones genómicas. Si bien la precisión imputación es muy importante para los criadores a tomar ventaja de la opción de genotipado menor costo proporcionado por el panel de 6K, la cuestión clave, sin embargo, es “¿Qué tan exactas son las evaluaciones genómicas derivadas de 6K genotipos en comparación con los 50 mil genotipos?”. Los genetistas de la Red Canadiense de la Leche (CDN) se dirigió recientemente a esta pregunta y se presentan los resultados de las reuniones más recientes asociados con la Junta de Evaluación Genética (GEB) de CDN.
Estrategia de Análisis
Básicamente, hay dos maneras de examinar el impacto de los animales de genotipo utilizando un panel de menor densidad, como el 6K uno contra el panel estándar de 50K. Un método consiste en determinar el genotipo de una proporción de la población con el panel de 6K, calcular las evaluaciones genómicas asociadas y vuelva a realizar los mismos cálculos después de volver a la genotipificación de los mismos animales de nuevo con el panel de 50K. Este enfoque es costoso, ya que requiere que cada animal se genotipo dos veces. Un enfoque más lógico es comenzar con un grupo grande de animales jóvenes genotipo con el panel de 50K y luego reducir sus genotipos reales para incluir sólo el subconjunto 6K de los marcadores en el panel de 50K. El análisis se basó en la CDN más de 9.000 toros jóvenes nacidos en 2011 que se genotipo con el panel de 50K. Teniendo en cuenta que los candidatos de toros jóvenes genotipo por AI las empresas tienden a tener una amplia información de pedigrí y, a menudo varios antepasados genotipo, el análisis CDN también quitó algunos de los genotipos de los padres para imitar diversos escenarios que se encuentran habitualmente dentro de las razas lecheras canadienses. Al igual que en el análisis previo de la exactitud de imputación, este estudio de genómica exactitud evaluación se llevó a cabo dentro de los grupos en función de si la presa del animal se genotipo con el panel de 50K, una baja densidad (6K o 3K) panel o la presa no se conocía en absoluto.
Intervalo de confianza del 99% para LPI
La Figura 1 muestra el grado de cambio en la evaluación genómico de un animal para LPI si se hubiera determinado el genotipo con el panel de 50K en lugar del panel 6K. Este grado de cambio se expresa como un rango de confianza del 99%, lo que significa que sólo 1 de los animales de cada 100 podría experimentar un cambio en la LPI genómico fuera del rango dado. Además, los valores de rango de la confianza en la figura 1 varían dependiendo de la cantidad de pedigrí conocido y el nivel de determinación del genotipo de la presa. En todos los escenarios que se muestran, se supone que el padre que se ha determinado el genotipo con el panel de 50K ya que esta es la realidad de aproximadamente el 90% de todas las vaquillas registrados nacidos en Canadá.
Cuando una vaca de Canadá o los Estados Unidos se genotipo con el panel de 6K y ambos padres se han determinado el genotipo con el panel de 50K, se espera que el 99% del tiempo de la evaluación genómica resultante para LPI estará dentro de ± 75 LPI puntos de lo que que habría sido si ella también había sido genotipo con el panel de 50K. Si la presa de la novilla se genotipo con un cuadro de baja densidad (6K o 3K), entonces el 99% de las veces el cambio en comparación con el que tiene se espera un genotipo 50K para estar dentro de ± 95 LPI puntos. En el peor de los casos, cuando la presa no es aún conocido y no tiene información de pedigrí, entonces el 99% de los animales con genotipo con el panel 6K tendría una evaluación genómica estimado que es de ± 130 LPI puntos de lo que habría sido si el panel de 50K de mayor precio se utilizó para determinar el genotipo del animal. El 99% de confianza se extiende en la Figura 1 sobre la base de 6K frente 50K genotipado servir como información valiosa sobre lo que el panel de usar. En la mayoría de las situaciones, la precisión alcanzada con el panel 6K es tan alto, y el margen de confianza del 99% es tan estrecho, que no tiene sentido gastar el dinero extra para utilizar el panel de 50K al genotipo vaquillas. Si, por otra parte, es crítico tener los resultados más precisos posibles, entonces se recomienda 50K genotipado.

Precisión de los rasgos clave
El Cuadro 1 presenta un resumen de los rangos de confianza del 99% para los distintos rasgos de importancia, que han sido redondeados para facilitar la comprensión en términos de expresión prueba. Como antes, el padre de los animales tiene un genotipo 50K y su presa tiene o bien un 50K o baja densidad (6K o 3K) genotipo o no lo conozca. En breve, la confianza de 99% varía para cada rasgo muestran claramente que la genotipificación con el panel de 6K es muy precisa en comparación con el uso del panel 50K, y existe la situación óptima cuando los animales tienen ambos padres con un genotipo 50K. En cuanto a LPI, sin embargo, hay algunos escenarios cuando se desea la máxima precisión y se recomienda el panel de 50K. CDN exige que todos los toros entran A.I. para determinar el genotipo con el panel de 50K desde la más alta precisión de su evaluación genómica es importante y estos toros, una vez comprobada la progenie, se convertirá en parte de la población de referencia utilizado en el CDN. Evaluaciones genómicas precisas también son importantes para las madres de toros están siendo consideradas por Amnistía Internacional empresas, así como a cualquier presa de los donantes en la manada para aumentar la precisión de las evaluaciones genómicas para el resultado hijas.

Resumen
La disponibilidad Se del panel de 6K párrafo el genotipado de animals from octubre de 2011 ha Mejorado significativamente la exactitud de las evaluaciones genómicas Derivadas de genotipos de baja densidad en comparacion Con El Pago del Costo Más alto PARA UN genotipo 50K. Este avance, duda pecado, contribuirá a un alcalde sin BSG de genotipificación En Un Grupo Más Amplio de los Rebaños un Través de Canadá. La precisión Que De Las evaluaciones genómicas utilizando el Panel de 6K no está influenciada porción El Nivel de determination del genotipo de los Padres y La Información de pedigrí DISPONIBLES, POR especialmente El Lado materno. Aunque el panel de 6K Puede Ser ampliamente utilizado párr DETERMINAR el genotipo de la Mayoría De Las novillas vacas de y, sí Recomienda el Panel de 50K CUANDO SE DESEA La Máxima precisión Que De Las evaluaciones genómicas, toros INCLUYE Que Jóvenes, Madres de toros Vacas Y DONANTES párrafo La Transferencias de embriones.
Autores: Brian Van Doormaal, CDN y Holstein Canada Bethany Muir, Holstein Canada
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